1923年6月14日早上11时15分，一列由1号机车牵引的南行列车，驶至马料水时遇上山泥倾泻，机车及头节车厢遭推撞至掉落路基之下，第二节车厢亦因而出轨，幸无人受伤。由于电话线损毁，有关当局于一段时间后才知悉此意外发生。附近一段长200码的大埔道亦遭泥石所埋，不能通行。1号机车事后获修复并重投服务，但是一号机车在1931年4月20日下午再次发生同一事故，新界中部天气恶劣，17时前后，豪雨更引致22号桥（现大学站南面）旁的溪涧决堤，将22号桥和3号隧道之间的路基冲毁。约17时10分，原定16时39分由深圳站（即现时的罗湖站）开往九龙的第19次列车驶至，受损的路基因不胜负荷而塌陷，导致机车及头4节客车车厢出轨并掉落20英尺高的路基之下。由于冲力甚大，第3及4节车厢更互相套入。事发后，铁路局、警务处、消防队均立即派员进行拯救，附近居民亦纷纷赶至协助，但由于地点偏僻、缺乏合适工具而且天气恶劣，工作十分艰巨。其中两名困于第4节车厢内的少年，须经截肢，方于两日后脱险。在附近居住的一位洋人医生，于驾车往协助救援时，亦连人带车掉进天雨造成的坑洞内，幸未有受伤。意外共造成12人死亡，是香港境内死亡人数最多的铁路事故。肇事的1号蒸汽机车因意外而报废。由于恶劣天气引致铁路多处损毁，铁路服务最终于6月方能恢愎。

　　1976年8月24日，热带风暴艾伦袭港，带来连场豪雨。8月25日早上8时25分，上游城门水塘溢出的洪水夹集著沙石，将横跨城门河的11号桥桥墩冲毁，一队铁路职工刚巧路过，即时通报上级，将铁路封闭。封闭期间，铁路分为红磡至大围、沙田至罗湖两段，之间乘客需靠巴士接驳，当局在大围搭建临时车站，是为第一代的大围站，而大围站后来于1986年正式投入服务。货运方面，牲口转往和合石站，蔬菜及鸡蛋转往粉岭站，其他货车则分别转往何东楼车辆段或大埔滘站。当时香港依赖铁路从中国大陆进口粮食，当局对此极为关注，港督亦有亲临现场视察。工务局在驻港英军协助下，在40天内重建11号桥，铁路服务终于10月4日回复正常。

　　1981年夏季某日，九广铁路（英段）近大埔滘站约50米处有一段路轨疑因天气炎热膨胀导致折曲，而一列满载乘客由罗湖站开出的列车在行驶至上述路段时被驾驶该班次的列车司机发现前方路轨有明显的折曲，而该司机认为如继续驶过便会出现意外，因而将列车停下。记者现场所见，两条铁轨在沿途一直是平行，直至一个接驳口时凸出了约12英寸之多，而下面的枕木亦移入了约3英寸之多。近2小时后，铁路局一位工程督察与十多名工人到场视察后，认为要移动另一节车轨，迁就车轨弯曲度才能行车。经过了大约半小时后，列车才恢复通行，但已阻延了3个小时。铁路局发言人表示，通常路轨折曲原因有多种，但这次主要是因天气酷热引致路轨膨胀而折曲，将来铁路电气化，新铺设的路轨将能抵受高热，相信届时就不会有这种事情发生。

　　1984年11月25日早上8时50分，一列由红磡驶往上水的九广铁路（英段）本地线列车，到达上水站下客后，列车需驶入中线路轨，以便调头后再驶入南行站台往红磡。当列车在驶至分岐口，转辙器没有将列车引入中线路轨，列车因而驶入安全侧线。因超速行驶，列车收掣不及，撞上车挡器，第一卡因撞击断开两截，凌空弹起再压断一条电缆柱，然后侧翻，断开的后半截车厢压着横放了包括车头的前半截车厢。当时车上有两名职员，于车头的车长及时逃生，仅受轻伤，司机则在列车另一端，未有受伤。肇事的车厢事后报废，而E45组余下完好的233号车厢则在数年后代替在何东楼车辆段内撞毁属于E58组的原272号车厢，成为今天的458号车厢，而旧有272号车厢亦报销。

　　1988年6月4日14时许，一列九广铁路（英段）南行货运列车在大学站以北（白石角附近，现时为优景里）出轨，列车服务因而暂停至第二天上午10：40分恢复。期间东铁服务中断一整日。九铁方面派出接驳巴士疏导乘客，但场面混乱。例如在沙田站，晚上大批乘客争先恐后登上接驳巴士，有人甚至爬窗进入。由于出事地点及其附近路段（尤其是急弯部分）多年来屡次出现不同程度的意外，铁路公司其后趁政府落实白石角填海工程时，于1995年9月24日凌晨，利用收车时间将路段拉直至与吐露港公路平衡，而行车时间得以缩减一分钟；而有关工程就耗资6,500万元。旧弯位（樟树滩走线）现在是香港教育大学运动场及香港中文大学赛马会研究生宿舍二及三座连未拨用土地。

　　1991年6月18日约晨早8时45分，大学站以北（白石角贴近中文大学）路段的电缆严重折断。一列九广铁路（英段）本地线北行列车刚巧驶经，由于车速甚高，而电缆被列车的受电弓勾著拖行，近1千米长的电缆遭扯脱。大埔墟站和火炭站之间的列车服务因而暂停。九铁公司派出接驳巴士来往沙田站及大埔墟站，但乘客争先恐后上车，情况混乱。受影响乘客近25万人，事件也暴露政府部门和运输业不协调。为确保安全，九铁事后决定将该段铁路拉直，并于1995年完成改线工程。

　　1996年8月下午5时50分，上水站列车信号系统控制室因电路板烧毁，导致计算机信号系统失灵，太和站至罗湖站列车服务停顿25分钟，东铁提供接驳巴士接载乘客往返太和及上水。工程人员估计系统故障可能是受控制室外铜制电线被雷电击中有关。到晚上7时全线服务才恢复正常，约有一万人受影响。九铁事后决定把铜制电缆更换成光导纤维电缆，但新的光导纤维系统需要到1998年底才投入使用。

　　1999年12月23日，晚上11时，一个位于里程罗湖站2千米的架空接触网绝缘体断裂，令电缆松弛，导致一列北行电气化火车在罗湖站前两千米“死火”，4000名乘客被困罗湖及上水站之间，过境关卡亦要延迟近3小时才关闭，以疏导人潮，罗湖列车服务受阻逾两个半钟。事发后个半小时，东铁亦安排了6辆接驳巴士，往罗湖站疏导乘客，但为避免乘客争相上巴士，引起场面混乱，故最后东铁只安排一列无载客的列车，往罗湖一次过接载乘客往市区，故接驳巴士并未派用场。

　　2005年12月21日，东铁一列南行往尖东列车驶至火炭站时，车底的冷气压缩器支架松脱，九铁其后检查全列车的116个压缩器，共发现9个压缩器支架出现裂纹，但无向政府汇报。九铁于事件在2006年1月嚗光后已为所有压缩器加上尼龙索带及U形托架承托以防止松脱，由于事出突然，故加上的都是彩色尼龙索带，被传媒和乘客觉得列车“好化学”（意即容易破烂）的笑柄。但其后再发现有80个车底部件有裂纹。经过初步调查之后发现，东铁列车在2003年改用自动列车运行装置（TBL 2 ATO，以比利时TBL信号系统为基础）后，对动车组件增加达1倍的压力。而且部分焊接位焊接不妥，要铲走油渍才发现裂纹。另外，车轮与路轨的接口并非完全吻合而产生震动，令列车悬挂系统可能产生裂纹。九铁主席田北辰于2006年1月14日表示，管理局将每晚开会，确保东铁可以安全行驶后才会开车，并承诺如再有主要组件或其捆绑的尼龙索带松脱，九铁将即时决定东铁全线停驶。最后，九铁于2006年1月15日获政府批准，使东铁改以人手操作，但东铁由罗湖至尖东的行车时间会增加1.5分钟，而早高峰时间的班次将由每小时24班减至23班，其后更一度减到每小时21班。经过深入的彻底调查，九铁确定列车自动操作系统并非导致出现裂纹的直接因素，并于2006年8月6日获政府批准，恢复东铁以自动操作系统运作。

　　2010年1月21日晚上7时20分，东铁线于晚高峰时段因车务控制中心故障，一度全线停驶约一小时，逾万乘客受影响。港铁车务主管蔡德赞向受影响乘客致歉。他解释故障是因为数据传送网络出问题，不能发挥控制中心的功能，港铁基于安全考虑，决定全线停驶以便工程人员检查。对于为何要花长达1小时处理故障，蔡称是因需时重新启动，至于传送网络具体究竟出现什么问题，则需详细调查。故障期间有不少乘客批评接驳巴士不足，要等近45分钟才出现。晚上8时20分，工程人员完成维修工作，全线服务陆续恢复正常。

　　2012年7月23日晚上11时，因台风韦森特袭港，大埔墟站附近有大树倒塌，导致电力故障，再加上其他路段亦出现跳电情况，引致东铁线全线暂停服务，共有8列东铁线列车受影响。超过一千名乘客受事件影响，被迫在车站大厅过夜。港铁表示进行抢修关系，未能提供接驳巴士服务，又表示基于安全考虑，未能让乘客下车。港铁表示，东铁线列车服务在凌晨2时44分回复正常，但由于凌晨列车服务已停止，加上要进行维修工程，不能再发车接载滞留的乘客。逾千名乘客半夜被迫滞留在沙田、大围等车站，用港铁提供的纸皮席地而睡，部分则坐在楼梯上休息和打机消磨。

　　直至2012年7月24日早上7时半，经抢修后，东铁线全线恢复通车。但在早上10点过后，8号风球除下，大批市民出门上班，港铁观塘线九龙塘站往油麻地方向的站台上，非常挤迫，一般要等3班车才上到车。港铁要实施人流管制措施，乘客鼓噪。

　　港铁车务运营总管刘天成表示，解释因天气恶劣影响，东铁线列车服务在凌晨2时44分回复正常，但由于凌晨列车服务已停止，加上要进行维修工程，不能再发车接载滞留的乘客。港铁亦强调，有广播通知乘客，并已开放车站给乘客休息，并提供水和卫生间设备。拒绝向受影响的乘客道歉。

　　原立法会议员郑家富批评港铁应变手法差劣，过去立法会曾多次讨论港铁在紧急事故提供接驳巴士的安排，但今次事件反映港铁仍然准备不足。他敦促港铁检讨事件，并加快在东铁线沿线加装屏障，防止因塌树损毁电流制式。 不过郑家富的言论令港铁工会不满，指港铁员工通宵加班照顾乘客。对港铁职员不公平。

　　2014年2月9日及18日的十天内，东铁线分别于大学站及粉岭站发生两宗故障，均造成北区大瘫痪。港铁车务总监金泽培对事件深表致歉，他指两次事故损坏的绝缘体，与大学站电缆故障的绝缘体属同一批次，经调查证实有关绝缘体质素欠佳，令绝缘功能减弱，增加内部短路机会，港铁会于十天内为所有问题绝缘体，进行全面更换。

　　2014年4月下旬至5月上旬之间，东铁线出现多次故障。

　　日期

　　车站

　　事故

　　2014年4月

　　27日

　　东铁线全线

　　港铁东铁线早上全线暂停服务约三十五分钟。港铁指是一个路由器故障，令控制中心收不到列车位置信息。港铁在事发后约二十分钟通知传媒，港铁指已经按机制处理。

　　28日

　　青衣超级车务控制中心

　　港铁东铁线第二日发生信号故障，早上7点40分，青衣控制中心显示屏出现问题，导致东铁全线服务一度暂停6至7分钟。

　　2014年5月

　　2日

　　大学站、大埔墟站

　　晚上9时半，大学站至大埔墟站间发生信号故障，大埔墟站2号站台显示往罗湖的下一班列车，竟然要等55分钟。目前列车服务尚未恢复。

　　东铁北行列车，因信号问题发生故障，有事发时乘搭列车的市民指出，列车不时“行吓又停吓”（动一下又停一下），令沙田站至大埔墟站车程延长至近一小时。

　　3日

　　火炭站

　　港铁发言人称，下午3时05分，港铁东铁线一列前往落马洲方向的列车，信号显示制动系统出现问题，为审慎起见，车务中心安排该列车抵达火炭站时让约300名乘客下车，转往对面站台乘搭下一班列车，约3分钟后乘客上车继续行程。

　　至于原来列车驶返车辆段检查，随后的列车服务未受影响。

　　2018年1月11日上午9时25分，由于负责控制东铁线TBL 2信号系统的服务器运作不畅顺，转换使用AWS后备系统，以及由工程人员改用人手操作重新启动服务器，但仍不成功。为进行跟进修复，控制中心宣布暂停东铁线全线列车服务，包括城际直通车也停驶。港铁向运输署通报事件及安排了接驳巴士疏导受影响乘客，惟指示不清析引起混乱。服务瘫痪两小时后在上午11时半才陆续恢复正常。港铁就东铁线事故对乘客造成影响致歉，表示会深入调查事故原因，以及会在收车后将进行深入检查。及后，港铁调查发现此次故障源于信号系统发出有问题指令，估计属软件运作有问题，已要求承办商加强系统软件稳定性和尽快完成新软件调试，不过新软件最快要1至2个月后才可投入应用。

　　全线停驶期间，有3名乘客不满被困车厢良久但得不到任何救援分别在粉岭站和火炭站打开乘降门下车沿路轨离开，随后职员协助他们从路轨返回站台。港铁车务运营总管李圣基事后向传媒表示，有关行为“很危险”。铁路车务员工协会指有关行为不正确，可能会使故障事件雪上加霜，例如职员须额外时间查找已拉下的开门掣及确保路轨无人才能再让列车开行，乘客更有可能因滥用乘降门设施而触犯《香港铁路附例》。然而2017年4月观塘线故障时港铁却打开紧急逃生门安排乘客由路轨疏散。

　　出轨列车现场

　　2019年9月17日早上8时半，东铁线一列港铁中期翻新列车从旺角东站以时速约30千米驶入红磡站1号站台期间突然出轨，导致第4、第5及第6卡车厢偏离路轨，以及第4至第5卡车厢之间接驳位断开，部分车厢的乘降门因列车脱轨冲力而飞脱，继1994年后第二宗港铁载客列车出轨严重事故；事故造成8人受伤。受事故影响，东铁线红磡站至旺角东站服务全日暂停，西铁线屯门至红磡只有一半班次行驶其余以南昌站为总站，旺角东站至罗湖站服务维持6分钟一班，旺角东站至落马洲站服务维持18分钟一班，另安排免费接驳巴士往来大围站至钻石山站，而19班城际直通车班次取消。港铁事后发现涉事路轨有4处出现断裂或裂纹，将成立调查委员会调查事件。2020年3月3日，港铁公布东铁线红磡站去年9月发生的列车出轨事故调查报告，表示事故起因是出事位置一个道岔的两条路轨里程，即动态轨距扩阔至超出关键水平所致。

　　第5卡车厢之间接驳位断开

　　港铁车务总监刘天成到场巡视

　　工程人员利用工具固定移正出轨车厢

　　港铁利用大型吊臂车的两条大绳索吊起出轨的第4车厢

　　出轨的第4车厢已移正

　　2020年2月2日，东铁线一列停靠罗湖站的列车被人放置两颗土制炸弹，企图迫使特区政府“封关”全面切断所有与内地的关口，防止2019冠状病毒病疫情扩散；香港警方形容向恐怖主义行近一大步。

　　2014年8月22日，近100人响应网上号召，到位于九龙湾的港铁总部大楼，抗议日前有唐狗在粉岭站被列车辗毙

　　2014年8月20日早上约9时50分，一只啡黄色的中型唐狗突然闯入上水站南行路轨，当时有乘客发现后即通知车站职员。有目击者指出，车站职员曾暂停列车行驶，走入路轨尝试驱赶唐狗，扰攘约6－7分钟后，却未能成功将唐狗带离路轨，但车站职员却重启列车服务。最后该唐狗跑到粉岭站路轨，遭一列当时驶入站台的城际直通车直接辗毙。多名目击意外的乘客昨在网上发放事发图片，质疑港铁职员为何明知唐狗仍在路轨，仍然重启列车服务。有媒体就事件向港铁查询，然而港铁发言人仍未有正面交代唐狗的辗毙原因，以及为何唐狗未离开路轨便重启列车服务。

　　其后有网民发起联署，要求港铁交代列车辗毙唐狗意外真相，直至同月23日已有逾9.8万人参与联署。

　　直至2015年3月，港铁公开调查报告，但仍拒绝就此事而道歉。

　　有示威者携带标语，指骂港铁职员对执法不一表示不满

　　2015年9月，港铁禁止一名身穿校服的女学生携带大型乐器乘车引起的风波愈演愈烈，而于同年10月3日，有大批示威者于大围站示威抗议后，同时亦有两名乘客在沙田站的一列正在上下客的车厢要求港铁职员量度一名内地旅客的随身行李，其后该名职员同意，并呼吁该两名乘客离开车厢，但该两名乘客并不信任港铁职员，更要求职员将有关行李带离车厢量度，期间当中一人更站在另一边乘降门，以身体挡住乘降门关上。其后有一名男乘客阻止该两名阻碍列车开出的乘客其行为，双方更推撞并爆发骂战。而当列车到达火炭站时，有关人士均被要求离开车厢。而网民对事件评价两极，有人质疑行李尺寸合共175厘米，超过规定的170厘米。亦有人质疑港铁职员为何不事先将该行李带离车厢，让该两名乘客继续阻碍列车开出。

　　旺角东至红磡段于1999年装设隔音屏障

　　由于东铁线大部分路段属于露天路段，让不少九龙中及新界东居民饱受噪音騒扰，其后经九铁、区议会与环境保护署据理力争，隔音屏障才能于1991至2001年期间开始装设。

　　虽然东铁线于1910年已通车，毫无疑问早于沿线所有现存的民居建筑落成，即沿线居民在迁入前都已清楚知道东铁线的存在会产生噪音。在受到沿线部分路段附近居民的投诉后港铁决定降低东铁线部分路段之行车速度，上水站至红磡站之行车时间被延长6分钟，非官方港铁故障消息“MTR Service Update”曾为此事制作短片，列车在其中三路段实施“临时速度限制”导致车程延长，包括：

　　* 粉岭至太和近帝欣苑段：原定车速每小时110千米，被降低至每小时60千米（追车维持正常车速），由2011年3月5日起生效，已于2021年10月中旬放寛至每小时80千米（日间）（追车维持正常车速）/ 每小时70千米（夜间）（追车维持正常车速）。(在新信号系统的控制下每班列车的行车度也不同）

　　大围至九龙塘近名城段：原定车速每小时90千米，被降低至每小时70千米，由2012年6月13日起生效， 2020年1月8日起被降低至每小时60千米，已于2020年3月中旬放寛至每小时70千米，再于2021年10月中旬放寛至正常车速（日间）/ 每小时80千米（夜间）。(在新信号系统的控制下每班列车的行车速度也不同）

　　旺角东站至九龙塘段，原定车速每小时80千米，被降低至每小时50千米（南行）/ 每小时40千米（北行），由2013年11月15日起生效，已于2021年10月中旬放寛至每小时70千米（日间南行）/ 每小时60千米（夜间南行、日间北行）/ 每小时50千米（夜间北行）。(在新信号系统的控制下每班列车的行车速度也不同）

　　旺角东站至红磡近旺角东站：原定车速每小时120千米，被降低至每小时50千米（北行）/ 每小时40千米（南行），由2012年10月17日起生效，已于2021年10月中旬放寛至每小时70千米（日间北行）/ 每小时60千米（夜间北行、日间南行）/ 每小时50千米（夜间南行）。(在新信号系统的控制下每班列车的行车速度也不同）[原创研究？]

　　直到2016年10月1日起，因应环保署的《噪音管制条例》要求，旺角东站至九龙塘段被收紧至每小时30千米，让每班列车驶过该处时需要多约30秒至2分钟不等，变相较平日接载少约6,000名乘客。惟有记者调试后发现，由红磡至九龙塘站车程时间大增1至6分钟不等。“MTR Service Update”认为可能会增加乘客候车时间，让原本已十分挤迫的九龙塘站站台更水泄不通。

　　正因如此，东铁线的原先最高速度是每小时120千米，但实际的最高速度经常远低这个标准（以平峰时间为甚，列车在ATO模式下经常惰行慢驶以节省电力）。有时列车的全程最高速度只有每小时约100－110千米，而且经常在路上临时停车，加上减速措施，令全程行车时间不断拉长，让原本由罗湖站／落马洲站至红磡站需要约40／45分钟被延长至约45／50分钟，有时更需逾一小时。

　　2009年起，港铁在上水站1号站台的第二至四卡位置设置落地透明围板，并加派保安在入闸机前监视，以防水货客冲闸

　　位于香港与深圳边境地区的罗湖站及上水站是携带水货过境的乘客（下称“水货客”）每日使用次数最高的车站，有相当数目的水货客更冒检控之虞冲过或跳越闸机以避过支付车资，甚至对检控他们之港铁职员施以多种暴力袭击、偶尔更会召集附近的同党进行围殴，导致相关职员曾须告假逾10天疗伤；另外亦有逃票者故意触发八达通阅读器不对重叠起来的八达通扣数的安全系统为冲闸制造口实。根据港铁2008年统计数字显示，上水站之检控冲闸数字为东铁线其他车站（不包括罗湖站）的100倍以上，即每年约过万宗，平均每日约有30宗于该站发生，每宗成功检控个案背后亦涉及多于一人犯案，包括水货客孔武有力之同党。

　　为打击此等行为及杜绝水货客联群结队聚集点货行为，港铁已经依照前区局议员程张迎和观塘区议员施能熊之建议，锁定于2009年3月1日起于上水站采取出入闸分流措施，在车站1号站台的第二至四卡位置设置围栏，以分隔上下车之人流，并且于罗湖站由活板闸机更换为九铁和地铁早期使用之转棍闸机，而少数几部阔闸机亦有职员把守，以防止多名乘客只缴付一名乘客的车资却同时通过闸机。港铁公司配合铁路警区、边界警区之行动对长期逗留站台之水货客采取屡劝不听后处之以罚款港币2,000元。同时港铁在车站加派职员在入闸机前监视，并聘请了廉政、申诉专员公署和纪律部队退休员工成立逃票罪行防治组，而加强执法以来港铁录得了更频密的职员执勤时遇袭数字。

　　由于东铁线北行列车有两个终点站：罗湖站及落马洲站。往落马洲站的班次占全线的三分之一，但较少人乘搭；往罗湖站的班次被分薄，导致每班列车更多人。

　　九龙塘站、沙田站、上水站较繁忙的车站，过境乘客经常挤进车厢，让部分往罗湖站的车厢过于挤迫。在平日早高峰时间南行方向由于没有直通车，加上班次较晚高峰时间为多，所以车厢挤迫情况尚可接受。

　　晚高峰时间受到直通车影响（现时北行有2班）及班次较早高峰时间为少，而直通车多数不准时开出，让红磡站北行列车延迟开出，部分班次相距达7分钟，再下一班车则可以只相距2分钟。再加上部分乘客冲门，以致列车乘降门往往要关上多次才成功，让随后列车延迟到达，尾随列车不能载上全部乘客，特别是九龙塘站。随着广深港高速铁路香港段投入服务，城际直通车乘客量减少 ，由2019年7月10日起，东铁线晚高峰时间北行直通车将减少一班，或可让晚高峰时间北行班次略为增加，可望稍为舒缓九龙塘站的人潮

　　。

　　2020年，受2019新型冠状病毒影响，由该年1月30日起所有城际直通车服务暂停，随后同年2月4日罗湖站及落马洲站关闭，让东铁线服务不受直通车影响，班次不稳或高峰时段动车组拖车问题暂时得以舒缓。

　　而在2022年5月东铁线过海段通车时，港铁称由大围站前往金钟站只须约17分钟。然而有有线新闻的记者进行实测后，发现往返上述两站需时约21分钟。

　　拥有弯曲站台的大学站站台边缘与车厢间有达10英寸（约25.4厘米）阔度的空隙

　　港铁在多个高危车站站台加设“空隙黑点”警示

　　东铁线沿线大部分均为地面路段，而且是大部分车站未有设置高站台门／闸门的线路（除了红磡站、会展站、金钟站已经安装高站台门之外），因此不时出现跳轨自杀事件，或有乘客非法横过路轨前往对面站台，导致列车服务受阻。

　　过去九广铁路仍未电气化前，由于那时的柴油火车速度慢而且班次疏，很多人会直接横过路轨，虽然九广铁路局已在路轨旁竖立警报牌，警报市民切勿贪一时之便在路轨上行走，但仍无阻人们违规横过路轨。据当时报章报道，在1977年有10人死于火车意外，25人受伤；在1978年的9个月内，有4人被柴油火车辗毙，其中3宗在沙田发生。随着1970年代末新界东部多个大型新市镇急速发展，人口增长迅猛，老旧的柴油火车服务已经无法满足需求，再加上旧式铁路的安全问题，火车电气化已经逼在眉睫。

　　惟在九广铁路电气化后，由于全线未有设置高站台门或闸门，乘客意外堕轨或跳轨自杀事件不绝于耳。而在2016年10月31日，一名83岁老妇在罗湖站站台步出车厢时不慎由站台空隙踏空堕下路轨，右手受伤，幸伤势无碍。有关相片在网上广传，引起市民对港铁站台安全的关注。

　　2017年3月24日，一名60多岁老翁在上水站堕轨并被列车辗过，身体断成三截不治；同年6月11日一名任职中学教学助理的24岁女子疑不堪工作压力在大围站跳轨自杀死亡，公众担忧本线沦为“自杀天堂”。部分站台又由于设计问题造成站台边缘与车厢之间的空隙特别阔，而在2011年与2016年亦分别有一名20多岁少女、一名3岁男童以及一名老妇不慎从车厢与站台之间的空隙堕下路轨。

　　港铁表示已特别在东铁线各站采取相应措施，包括在站台边缘加设照明闪光提示乘客、加装胶条缩窄空隙、贴上大型提示标语、安排站台助理和以广播提醒乘客小心空隙，但长远需要等到沙田至中环线项目落成，采用车身较阔的港铁东铁线现代列车及加装站台伸缩踏板，才可解决站台空隙问题。然而由于东铁线本身历史悠久，站台无法承受五百千克闸门带来的额外重量，故此需要加固站台，如以钢制强化支架支撑。在立法会铁路事宜小组委员会上港铁概括指出加装低站台门的困难包括站台结构的限制、现有信号系统和列车的限制以及站台空隙较阔带来的安全风险，综合各个因素后港铁公司认为同步进行沙中线计划及在东铁线加装自动低站台门的工程是较理想的方案。

　　根据2021年立法会财委会文件，东铁线于2018年至2020年共发生111宗乘客进入路轨事故。而早在2013年，当时港铁称准备为东铁线安装幕门，并需更改站台结构、更新列车及更新信号系统。原预计施工期预计约3年，并于2019年完成，不过由于过海段工程及转用新车的进度缓慢而多次推迟。直到2022年5月，网媒香港01引述消息指过海段通车后，工程团队最快在2022／23年于个别车站加设约1.8米高的低站台门，不过全线安装工程仍需等候数年才完成。直到2023年5月，马场站1号站台率先开始安装低站台门，较原先计划延迟约10年。

　　在1999年8月之前，由于屠房设于市区，因此运载牲口的货卡需前驶经沿线各站。每日平均有30个车厢运载牛、猪及羊来港（列车通常在中午前夕进入香港），使乘客及居民受到“猪车”气味困扰。直到区域市政局（现改为食物环境卫生署）上水屠房于2000年1月启用后，问题终于得以解决。

　　虽然大部分东铁线全线车站卫生间已经在2015年至2016年翻新，厕所都只提供座厕，但是东铁线少部分厕所设计非常狭窄和使用率甚高，引致部分厕所卫生问题日益严重，结果有时厕所臭气冲天情况间中出现恶化。

　　2018年，香港大学最新研究发现，东铁线扶手细菌抗药性基因最高，透过深圳过境乘客不断换乘而散播社区抗药菌至全港。马鞍山线（现为屯马线）检测出的耐药性细菌含量亦几乎与东铁线相同。

　　东铁线部分车站站台设计非常狭窄，导致大围站、沙田站以及太和站的南行站台（往金钟方向）经常成为的人流瓶颈位“重灾区”，而此情况于巴士公司陆续加设往返新界区内甚至九龙／港岛区的公交车道后才逐渐显著改善[原创研究？]。根据2014年立法会文件披露东铁线最繁忙路段载客率及客量，若以每平方米四人站立密度计算，得出100%饱和的载客率，而乘客量达5.87万人次。而自2022年5月为配合东铁线过海段通车，需要由12卡车厢的列车全面改为9卡车厢的列车行驶后，因列车载客量减少，车厢挤迫的问题更加严重，甚至于不设企位的头等车厢亦出现车廂满座的情况。民主党于该年5－6月进行调查显示，近七成受访者认为过海段通车后车厢变得更挤迫；有超过六成受访者认为港铁应取消头等车厢。而民主党亦建议港铁加密东铁线全日班次、将东铁线增至10卡车厢的列车行驶及将早晨折扣优惠扩展至全港车站。直到2023年5月，有传媒就过海段已通车一年而访问乘客，有乘客认为东铁线可以節省不少时间，但同样亦有乘客指出东铁线班次较荃湾线疏落、在平日早高峰时间于站台通常须等候二至三班列车才能成功登车、而车厢的挤逼情况亦难以让在站台候车的乘客登车，甚至有乘客宁愿支付头等车资在满座的头等车厢站立等。而港铁过境铁路总管张志强再次强调9卡车厢的列车的运力能应付每日有约80万人次的乘客。他亦表示东铁线过海段呈现分流作用，而荃湾线与观塘线早高峰时间客量亦分别下降约两成及一成。

　　前九铁早以计划于落马洲站至上水站之间的古洞兴建古洞站，并接通未来的港铁北环线，舒缓由上水一带前往屯门及元朗一带的多重转车问题。

　　多家传媒在2019年12月报导深圳当局开始重新规划罗湖口岸的设计，建议将港铁东铁线北延跨深圳河，以及预留接口位置与香港在内地进行“一地两检”，改变现时两地两检的通关模式；而香港政府表示未有接获深圳市政府有关部门建议，待接获深圳方面提出的正式建议后，有关部门会研究建议的可行性及效益。

　　2021年10月，时任行政长官林郑月娥于《施政报告》中公布《北部都会区发展策略》，重新提出将探讨东铁线延伸至深圳市罗湖并设“一地两检”口岸的计划。

　　2021年10月6日，时任行政长官林郑月娥在《施政报告》中提及东铁线计划增设白石角站，为改善白石角和科学园一带公共交通接驳，香港政府将会邀请港铁进行研究，研究以现时白石角的香港教育大学运动中心用地为基础，兴建东铁线白石角站。

　　2022年10月19日，行政长官李家超在《施政报告》提及东铁线正规划的科学园／白石角站，目标是在2033年或之前通车。

　　2021年10月6日，时任行政长官林郑月娥在《施政报告》中提及东铁线拟伸延至深圳罗湖口岸，并于现有的罗湖站和上水站之间增设罗湖南站，连接北环线东延段，主要用于服务在罗湖及文锦渡的商住用途。

　　1989年，九广铁路公司曾有兴建过海铁路的计划，计划提及把九广铁路－英段由旺角车站延长，以地底隧道方式跨越维多利亚港海底连接位于香港岛的炮台山站，再连接维多利亚公园及中环至湾仔填海区，为当时的“第三条过海铁路”计划，预计在1998年前落成。但根据同年发表的《香港运输政策绿皮书》，政府原意将观塘线延伸至炮台山站作为第三条过海铁路，后来演变为观塘线延线。随着香港机场核心计划落实，政府于翌年决定以机场铁路作为第三条过海铁路，九广铁路－英段过海的计划便取消，现由沙田至中环线过海段取代。

　　中环南站的前身为中环西站，2001年政府邀请两铁竞投沙中线时，当局构思中的中环西站位于荷里活道近摆花街，邻近中区警署（现称大馆）﹐方便市民直接前往兰桂坊一带消遣及上班。而在2002年九铁夺得沙中线运营权后，决定将中环西站东移，更为接近苏豪区及中环心脏地带。直至2004年，九铁将沙中线改为“不直接过海”，同时称中环西站选址土质松软，难以施工，决定改为研究在上亚厘毕道以南建站。

　　然而由于同一时间政府研究两铁合并，九铁需要押后沙中线的动工日期。为避免与地铁现有资源重叠，两铁合并后的沙中线将取消金钟东站及中环南站，并扩建地铁金钟站作补偿。运输及房屋局前局长郑汝桦曾表示有待政府总部搬迁到添马舰后，当局会再考虑以旧政府总部地底设站，但因为该处同样面对地质松软的问题，导致中环南站至今仍未觅得合适选址。2008年，运输及房屋局（运输及物流局前身）前局长郑汝桦宣布沙中线改以金钟为终点站，前往中环站的乘客须换乘港岛线或荃湾线。

　　虽然目前中环南站已搁置兴建，但是在东铁线金钟站以南的掉头路轨隧道中仍预留分岔位置。

　　^ 连接罗湖管制站及罗湖口岸

　　^ 连接落马洲支线管制站及福田口岸

　　^ 前三者为显示南行方向列车（往金钟）；而后两者则为显示北行方向列车（往罗湖／落马洲）。

　　^ 乘搭头等车资相等于该程普通等车资的两倍，另外持有已登记的学生八达通或60-64岁所持乐悠咭的乘客乘搭头等时亦仍会支付成人的头等车资。

　　^ 香港轻铁除外

　　香港主题

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　　尖沙咀支线

　　落马洲支线

　　禾坑站

　　石涌凹站

　　沙头角站